gromacs教程-11-gromacs分析
本文将介绍如何使用CHARMM GUI网站构建膜蛋白体系以及如何使用GROMACS进行MD模拟 。此教程分为纯膜蛋白模拟和膜蛋白-配体体系模拟两种情况 。以下为具体操作步骤。准备工具包括CHARMM GUI 、Pymol和GROMACS 2024 。
体系预平衡和成品动力学模拟，以确保模型的稳定性和准确性 。结果动画 模拟结束后 ，可利用动画工具如Pymol或VMD可视化模拟结果 ，生成结果动画，以便进一步分析和理解模拟过程及所得结论。通过以上步骤 ，成功构建了膜蛋白的MARTINI粗粒化模型并进行了MD模拟 ，为研究生物大分子体系的复杂动态提供了有力的工具。
启动动力学模拟，采样时间为1ns 。每10ps保存一个坐标帧，共计保存100帧 。结果分析：使用gmx rms计算全体系alphaC原子的RMSD。使用gmx rmsf计算RMSF 。使用g_energy命令分析体系总势能变化曲线 。通过g_gyrate研究蛋白质的回旋半径变化。对比初始与最终构象 ，评估构象变化 。
加入水盒子和离子 ，利用editconf和genbox生成rec_lig_box.gro文件，通过genion添加离子 。 进行连续的能量优化 ，通过grompp和mdrun进行模拟体系的优化 ，包括水分子和离子 、蛋白侧链、全局优化。 加热体系进行NVT过程，平衡体系进行NPT过程 ，最终进行prod MD模拟 。
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