GROMACS模拟步骤
使用（例如）pdb2gmx ，PRODRG 或您最喜欢的文本编辑器与GROMACS手册第5章配合 ，获取/生成系统拓扑文件 。6 描述适合最终密度的模拟盒子（例如使用editconf），填充溶剂（例如使用genbox），并添加任何用于中和系统的反离子（例如使用grompp和genion） 。
预处理：通过命令行启动gmx pdb2gmx ，选择力场为Amber99sb和溶剂模型为Tip3p。构建模拟盒子：设置溶剂层厚度为0.8nm。对比了cubic 、triclinic和dodecahedron三种盒子中的水分子数目差异 ，并记录结果 。添加水分子：使用gmx solvate命令添加水分子，确保体系被充分填充 。
成品模拟时 ，取消蛋白质位置限制 ，设置时间为100 ns，采样间隔为10 ps。控压算法更改为Parrinello-Rahman 。生成tpr文件后 ，执行主体模拟 。如使用GPU加速 ，可在命令后添加-nb gpu。使用PBS命令提交模拟任务，并在运行过程中检查状态 ，下载数据进行分析 。
在完成MARTINI粗粒化模型构建后 ，使用GROMACS进行MD模拟 。通过CHARMM GUI下载的压缩包解压，将文件上传至服务器 ，确保GROMACS力场文件正确配置。模拟过程包括能量极小化 、体系预平衡和成品动力学模拟 ，以确保模型的稳定性和准确性 。
GROMACS安装
使用命令wsl l v检查WSL版本 。使用命令wsl setversion 分发版名称 2设置分发版本为WSL2。安装Gromacs所需依赖 更新包管理器并安装gcc、g++、cmake：使用命令sudo aptget update更新包管理器 。使用命令sudo aptget install gcc g++ cmake安装依赖 。
确保 cmake 版本为 x：GROMACS 安装需要 cmake x 版本，如果系统自带的 cmake 版本过旧，需要手动安装 cmake x。检查 cmake 版本：安装完成后 ，使用 cmake3 /V 命令检查 cmake 版本 ，确保为 x 版本。FFTW 库的安装：依赖版本：GROMACS 2018 依赖于 FFTW 8 版本 。
执行export CPPFLAGS=I/home/fftw2/include和export LDFLAGS=L/home/fftw2/lib 。编译gromacs：切换到gromacs1目录。配置编译选项：执行./configure prefix=/home/gromacs1 enablempi 。编译并安装：运行make，之后使用make install 。
GROMACS的安装建议如下：推荐安装方法：镜像安装：推荐使用镜像安装GROMACS ，此方法相对简单且易于配置。NVIDIA等公司提供优化的GROMACS安装镜像 ，用户可在相关网站注册后下载使用 。源码安装注意事项：编译器选择：若选择源码安装，推荐使用gcc编译器 ，并确保其版本为最新 ，以获得最佳性能 。最低要求为支持C++17。
步骤一：GROMACS安装首先，确保安装最新版的Visual Studio（2019及以上版本） ，它提供了所需的安装环境 。
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
1 、生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具主要包括以下几种：Sobtop：特点：由Sobereva开发 ，适用于GAFF 、AMBER力场 。功能：具有高度灵活性和易用性，能自定义原子类型、自动或手动指认力场参数 ，读取Multiwfn或OpenBabel计算的电荷。
2 、本文概述了多种用于生成GROMACS拓扑文件的工具 ，包括Sobtop 、acpype、PRODRGAutomated Topology Builder（ATB） 、MKTOP 、TPPmktop、LigParGen 、OBGMX 、SwissParam、CGenFF 、ztop等 。这些工具适用于不同类型的体系，包括有机和无机小分子 、过渡金属配合物、聚合物、共价团簇 、晶体 、二维材料等 。
3、DRUG为mol2文件中分子的命名，运行脚本前应赋予可执行权限（chmod 755 ./cgenff_charmm2gmx.py）。若选择使用CHARMM-GUI进行小分子建模 ，直接在该工具中绘制结构并生成所需的拓扑文件和力场参数 ，最终整理为GROMACS格式文件，实现直接应用。
4 、pdb2gmx程序是生成拓扑文件的关键工具 ，它支持多种坐标文件格式 ，最常用的是.pdb格式 。通过pdb2gmx，可以从输入的坐标文件生成拓扑文件 ，同时读写原子类型文件.atp和残基类型文件.dat 。
5 、但经查看后发现没有问题。角度和非共面项的一些参数是随意猜测的 ，但sob老师认为对结果影响不大 。参考资源包括Sobtop、ORCA结合Multiwfn计算RESP 、RESP2和2*CM5原子电荷的懒人脚本以及几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具 。在生成GTP的拓扑文件时，可以参考Protein-Ligand Complex的相关信息。
6 、根据VMD构建的碳纳米管生成gromacs的拓扑文件 ，命令为： gmx_mpi x2top -f CNT.gro -o CNT.top -ff select -nopbc -name CNT 。对氧化石墨烯的拓扑文件进行调整 ，命令为： gmx_mpi x2top -f go.gro -o go .top -ff select -nopbc -name go -nc 3 -cut 0.05 。
GROMACS各种文件格式介绍
1、CPT文件：模拟断点文件，记录模拟系统信息。用于恢复中断的模拟或延长计算 。EDR文件：记录能量数据 ，如相互作用能量等 ，用于能量分析 。EPS文件：通常用于存储处理后的图形，如DSSP的输出，不是GROMACS原生文件格式。G87文件：坐标文件 ，仅含原子坐标和速度 ，格式相对简单 。
2 、CPT文件 ：模拟断点文件，用于记录模拟过程中的关键信息 ，便于恢复中断的模拟或延长计算 。EDR文件 ：能量数据文件 ，记录系统能量数据，包括各能量组的相互作用能量等 ，对于能量分析至关重要。EPS文件 ：图片文件 ，非GROMACS标准格式，常用于保存模拟结果的图像 ，但可能需要特定软件打开。
3 、GRO文件：GROMACS主要的分子坐标文件 ，各文本列字数固定 。写入格式包含残基序号、残基名称 、原子名称 、原子序号、坐标三列及速度 。ITP文件：分子拓扑文件，被主拓扑文件包含的分拓扑文件 ，通常包含特定分子的类型。不引用其他力场文件 ，不含特定拓扑字节 。
gromacs教程-11-gromacs分析
首先，gromacs可以分析一些基本的热力学性质，如温度、内能 、压强 、焓等 。这些性质通过直接根据速度和势能进行计算得出。接着 ，进行结构信息分析 ，包括体系在特定温度下的动态平衡结构，如蛋白质在溶液中的形态、水分子的距离和取向分布 、高分子链的均方末端矩和均方回转半径等 。
步骤一：GROMACS安装首先 ，确保安装最新版的Visual Studio（2019及以上版本） ，它提供了所需的安装环境 。
温度因子（B-factor）是晶体学中的重要参数，反映了原子热运动造成的影响。在Gromacs中 ，可以通过RMSF计算得到B-factor 。常用命令如下 。蛋白质回旋半径（Radius of Gyration）是衡量体系质权平均半径的指标 ，用于评估分子的紧密程度。执行回旋半径分析的命令 。
为生产模拟选择适当的模拟参数（定义在.mdp文件中），特别注意不要重新生成速度 。需要与力场的来源保持一致 ，并且知道如何测量感兴趣的属性/现象。11 为观察感兴趣的属性/现象运行足够长时间的生产模拟（使用grompp/tpbconv和mdrun）。
MD 蛋白配体势能：GROMACS 将分子间相互作用分为范德华和库伦作用 ，通过 Lennard-Jones（LJ）和库伦相互作用计算势能 。提取 LJ（SR） 、库伦（SR）以及总能量数据，分析蛋白质与配体间相互作用能随时间变化 。
切换到gromacs-1目录：使用`cd gromacs-1`进行切换。配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/gromacs-1 --enable-mpi`进行配置 。编译并安装：运行`make`进行编译 ，之后使用`make install`进行安装 ，最后执行`make distclean`清理编译残留 。
GROMACSGROMACS安装流程
GROMACS的安装流程如下：解压缩源码包：解压缩fftw源码包：使用命令tar zxvf fftwtar.gz。解压缩gromacs源码包：使用命令tar –zxvf gromacstar.gz 。解压缩lammpi源码包：使用命令tar zxvf lamtar.gz 。编译lammpi：切换到lam3目录。
在WSL0上安装Gromacs的教程如下：安装与配置WSL0 启用适用于Linux的Windows子系统：打开命令提示符，输入dism.exe /online /enablefeature /featurename：MicrosoftWindowsSubsystemLinux /all /norestart 。
编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装 ，最后执行`make distclean`清理编译残留 。 设置gromacs环境变量：添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH：/home/gromacs-1/bin`。
sudo apt-get install fftw3 安装gromacs ，根据版本选择一键安装或手动安装 。使用以下命令进行安装：sudo apt install gromacs wget -zxvf gromacs-202tar.gz cd gromacs-2021/...通过cmake工具配置并执行安装，确保添加了所需的环境变量 。
输入语言 ，正常安装。 选择磁盘分区。 填写虚拟机登录信息 。 等待安装 。 重启。 终端安装Gromacs：sudo apt-get install gromacs 。虚拟机共享主机文件 在VMware中 ，可以通过类似docker的方式挂载主机目录给虚拟机，方便在虚拟机上访问共享目录 。 选择主机目录作为共享目录。
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希望本篇文章《GROMACS（gromacs和lammps区别）（gromacs和lammps区别）GROMACS》能对你有所帮助！
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