几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
1 、生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具主要包括以下几种：Sobtop：特点：由Sobereva开发，适用于GAFF 、AMBER力场 。功能：具有高度灵活性和易用性 ，能自定义原子类型、自动或手动指认力场参数 ，读取Multiwfn或OpenBabel计算的电荷 。
2 、本文概述了多种用于生成GROMACS拓扑文件的工具，包括Sobtop 、acpype、PRODRGAutomated Topology Builder（ATB）、MKTOP 、TPPmktop 、LigParGen、OBGMX 、SwissParam 、CGenFF、ztop等。这些工具适用于不同类型的体系 ，包括有机和无机小分子 、过渡金属配合物 、聚合物、共价团簇 、晶体 、二维材料等 。
3、DRUG为mol2文件中分子的命名 ，运行脚本前应赋予可执行权限（chmod 755 ./cgenff_charmm2gmx.py） 。若选择使用CHARMM-GUI进行小分子建模，直接在该工具中绘制结构并生成所需的拓扑文件和力场参数，最终整理为GROMACS格式文件 ，实现直接应用。
4 、pdb2gmx程序是生成拓扑文件的关键工具 ，它支持多种坐标文件格式，最常用的是.pdb格式。通过pdb2gmx ，可以从输入的坐标文件生成拓扑文件 ，同时读写原子类型文件.atp和残基类型文件.dat 。
5 、但经查看后发现没有问题 。角度和非共面项的一些参数是随意猜测的，但sob老师认为对结果影响不大。参考资源包括Sobtop、ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和2*CM5原子电荷的懒人脚本以及几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具 。在生成GTP的拓扑文件时 ，可以参考Protein-Ligand Complex的相关信息 。
GROMACS安装
使用命令wsl l v检查WSL版本。使用命令wsl setversion 分发版名称 2设置分发版本为WSL2 。安装Gromacs所需依赖 更新包管理器并安装gcc 、g++ 、cmake：使用命令sudo aptget update更新包管理器 。使用命令sudo aptget install gcc g++ cmake安装依赖。
确保 cmake 版本为 x：GROMACS 安装需要 cmake x 版本 ，如果系统自带的 cmake 版本过旧，需要手动安装 cmake x 。检查 cmake 版本：安装完成后 ，使用 cmake3 /V 命令检查 cmake 版本 ，确保为 x 版本 。FFTW 库的安装：依赖版本：GROMACS 2018 依赖于 FFTW 8 版本。
执行export CPPFLAGS=I/home/fftw2/include和export LDFLAGS=L/home/fftw2/lib 。编译gromacs：切换到gromacs1目录 。配置编译选项：执行./configure prefix=/home/gromacs1 enablempi。编译并安装：运行make，之后使用make install。
GROMACSGROMACS安装流程
1、GROMACS的安装流程如下：解压缩源码包：解压缩fftw源码包：使用命令tar zxvf fftwtar.gz 。解压缩gromacs源码包：使用命令tar –zxvf gromacstar.gz 。解压缩lammpi源码包：使用命令tar zxvf lamtar.gz。编译lammpi：切换到lam3目录 。
2 、在WSL0上安装Gromacs的教程如下：安装与配置WSL0 启用适用于Linux的Windows子系统：打开命令提示符 ，输入dism.exe /online /enablefeature /featurename：MicrosoftWindowsSubsystemLinux /all /norestart 。
3 、编译并安装：运行`make`进行编译 ，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。 设置gromacs环境变量：添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH：/home/gromacs-1/bin` 。
4、sudo apt-get install fftw3 安装gromacs，根据版本选择一键安装或手动安装 。使用以下命令进行安装：sudo apt install gromacs wget -zxvf gromacs-202tar.gz cd gromacs-2021/...通过cmake工具配置并执行安装 ，确保添加了所需的环境变量。
5 、输入语言 ，正常安装 。 选择磁盘分区 。 填写虚拟机登录信息。 等待安装 。 重启 。 终端安装Gromacs：sudo apt-get install gromacs。虚拟机共享主机文件 在VMware中，可以通过类似docker的方式挂载主机目录给虚拟机 ，方便在虚拟机上访问共享目录。 选择主机目录作为共享目录 。
6 、解压与配置：下载并解压 GROMACS 压缩包 ，创建 build 目录并进入，配置环境变量 CMAKE_PREFIX_PATH 指向 FFTW 安装目录 ，然后使用 cmake 命令配置 GROMACS 。编译与安装：在 build 目录下运行编译命令 ，编译完成后将程序安装到指定目录。
GROMACS教程【01】分子动力学模拟结果分析常用命令(一)
首先，周期性校正是模拟结果分析中不可或缺的一步 。通常 ，模拟结束后 ，分子可能跨越周期性边界，需要校正以确保模拟的准确性 。执行以下命令即可校正周期性。接着 ，均方根偏差（RMSD）分析被广泛应用于分子动力学模拟 ，以评估构象差异程度 。在蛋白-配体复合物的模拟中，分析蛋白骨架和小分子配体的RMSD变化情况，有助于判断轨迹是否达到平衡 。
配体径向分布：分析稳定时期配体到蛋白质表面的径向分布函数 ，获得配体到蛋白质表面的距离信息。利用 A 类型粒子与 B 类型粒子之间径向分布函数公式 ，计算稳定模拟最后 15ns 配体 1ZIN 到蛋白质表面的径向分布函数，并展示结果图 。
使用gmx solvate命令添加水分子 ，确保体系被充分填充 。能量优化：执行能量优化 ，使用em.mdp参数文件。设置etol为500，直至体系达到收敛 。温度平衡：进行体系的平衡处理 ，从0K升温至300K ，历时30ps 。动力学模拟：启动动力学模拟，采样时间为1ns。每10ps保存一个坐标帧 ，共计保存100帧。
成品模拟时 ，取消蛋白质位置限制，设置时间为100 ns ，采样间隔为10 ps 。控压算法更改为Parrinello-Rahman 。生成tpr文件后 ，执行主体模拟。如使用GPU加速，可在命令后添加-nb gpu 。使用PBS命令提交模拟任务，并在运行过程中检查状态 ，下载数据进行分析 。
NVT平衡执行100 ps的NVT平衡 ，确保体系在300K温度下稳定。使用energy命令检查平衡是否完成 。NPT平衡在NPT系综下进行100 ps的压力平衡，使用mdp参数进行配置 。成品模拟完成NVT和NPT平衡后 ，进行20 ns的成品MD模拟 ，使用grompp和mdrun进行。
利用GROMACS工具进行pdb文件的格式转换 。设置温度计算拟合，通常设定在100ps ，可根据需要调整 。执行分子动力学模拟：模拟过程可能较长 ，取决于计算步长、计算时间和硬件配置。模拟结束后，生成的文件用于后续结果分析 。结果分析：利用xvg格式文件和DuIvyTools脚本进行可视化分析 。
GROMACS各种文件格式介绍
1 、CPT文件：模拟断点文件 ，记录模拟系统信息。用于恢复中断的模拟或延长计算。EDR文件：记录能量数据 ，如相互作用能量等，用于能量分析 。EPS文件：通常用于存储处理后的图形 ，如DSSP的输出 ，不是GROMACS原生文件格式 。G87文件：坐标文件，仅含原子坐标和速度，格式相对简单。
2 、CPT文件 ：模拟断点文件 ，用于记录模拟过程中的关键信息 ，便于恢复中断的模拟或延长计算 。EDR文件 ：能量数据文件，记录系统能量数据 ，包括各能量组的相互作用能量等 ，对于能量分析至关重要 。EPS文件 ：图片文件，非GROMACS标准格式 ，常用于保存模拟结果的图像 ，但可能需要特定软件打开。
3、GRO文件：GROMACS主要的分子坐标文件，各文本列字数固定 。写入格式包含残基序号 、残基名称 、原子名称、原子序号、坐标三列及速度 。ITP文件：分子拓扑文件 ，被主拓扑文件包含的分拓扑文件 ，通常包含特定分子的类型。不引用其他力场文件，不含特定拓扑字节 。
4 、GRO文件 （.gro）：GROMACS的核心坐标文件 ，包含固定格式的原子坐标 、速度等信息 。 ITP文件 （.itp）：分子拓扑文件 ，细化描述特定分子的类型，不包含系统全局信息。 M2P文件：配置文件，用于定义EPS文件的输出格式 。 MDP文件 （.mdp）：模拟配置文件 ，包含大量控制参数 ，查阅手册了解详细含义 。
5、gromacs基本文件-结构文件 PDB文件：主要用于描述蛋白结构信息，也可用于其他分子。格式为（.pdb）。GRO文件：gromacs专用文件格式 ，其他软件无法使用 ，是gromacs生成结构的默认格式 。（.gro）G96文件：包含高精度分子坐标信息，使用（.g96）格式 ，由GROMOS96程序生成 。
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希望本篇文章《GROMACS（GROMACS）（GROMACS）GROMACS》能对你有所帮助！
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